ciao Dani,
asperttando che arrivi il buon Glutine, pensa alla ciabatta, superalveolata per eccellenza, che infatti ha un impasto molto idratato. Dipende pero' anche dall'estensibilita' della farina (ne avevamo parlato un pochino a proposito della farina di grano duro). Per cui e' possibile che cambiando la farina cambi il risultato: hai mica la scheda tecnica della tua manitoba?
Un'altro motivo per cui e' possibile che l'alveolatura ti venga stretta e' la formatura: se formi molto stretto e non dai tempo al glutine di rilassarsi, e al lievito di riprendere a "gonfiare" la tua forma, il panino/pagnotta ti rimarra' con l'alveolatura stretta.
magari se la prossima volta ci fai vedere una foto in sezione possiamo capire di piu'.