Premetto che non sono un esperto in materia.
Ma se la sterilizzazione viene fatta in maniera adeguata può avvenire lo stesso una fermentazione? Pomodori buoni o no e bottiglie bagnate prima del riempimento...
Mia madre faceva il sugo pronto da usare senza ulteriore cottura (quindi il pomodoro veniva cotto prima)... Magari è una cosa diversa.
Nella mia memoria ho ricordi di tempi assai lunghi di bollitura e quando qualche bottiglia scoppiava mia madre diceva che non era tappata bene e, quindi, presumo che penetrasse qualcosa che provocava la fermentazione (usavano soprattutto bottiglie di birra e tappavano ovviamente con tappi a corona).